Η επικράτεια, σύμφωνα με το νόμο 3527/2007, διαιρείται στις ακόλουθες 7 Υγειονομικές Περιφέρειες (Υ.Πε.):

• την 1η Υγειονομική Περιφέρεια Αττικής
• την 2η Υγειονομική Περιφέρεια Πειραιώς και Αιγαίου
• την 3η Υγειονομική Περιφέρεια Μακεδονίας
• την 4η Υγειονομική Περιφέρεια Μακεδονίας και Θράκης
• την 5η Υγειονομική Περιφέρεια Θεσσαλίας και Στερεάς Ελλάδας
• την 6η Υγειονομική Περιφέρεια Πελοποννήσου, Ιονίων Νήσων, Ηπείρου και Δυτικής Ελλάδας
• την 7η Υγειονομική Περιφέρεια Κρήτης

που προέκυψαν με συγχώνευση των δεκαεπτά παλαιών Υγειονομικών Περιφερειών του νόμου 3329/2005.
Η 2η Υγειονομική Περιφέρεια Πειραιώς και Αιγαίου, που προέκυψε από τη συγχώνευση δια απορροφήσεως της Υγειονομικής Περιφέρειας Βορείου Αιγαίου, της Α΄ Υγειονομικής Περιφέρειας Νοτίου Αιγαίου και της Β΄ Υγειονομικής Περιφέρειας Νοτίου Αιγαίου, από την Γ΄ Υγειονομική Περιφέρεια Αττικής, έχει έδρα τον Πειραιά και ασκεί το σύνολο των αρμοδιοτήτων των πρώην Υγειονομικών Περιφερειών Γ΄ Αττικής, Βορείου Αιγαίου, Α΄ Νοτίου Αιγαίου και Β΄ Νοτίου Αιγαίου..

Στην έδρα κάθε Υγειονομικής Περιφέρειας υπάρχει η Διοίκηση της Υγειονομικής Περιφέρειας (Δ.Υ.Πε.), που είναι νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου (Ν.Π.Δ.Δ.). Η έδρα της 2ης ΔΥΠε Πειραιώς και Αιγαίου είναι στον Πειραιά.

Η πρώην Β΄ Υγειονομική Περιφέρεια Νοτίου Αιγαίου περιελάμβανε όλες τις Μονάδες Υγείας (Νοσοκομεία, Κέντρα Υγείας, Ιατρεία) και Κοινωνικής Φροντίδας του νομού Δωδεκανήσου. Η Διοίκησή της (Β’ ΔΥΠΕ Νοτίου Αιγαίου) είχε έδρα τη Ρόδο.